Kanalizasyon denize boşaltılabilse de, kanalizasyonun boşaltılması ile ilgili uyulması gereken bazı düzenlemeler olduğu için doğrudan denize boşaltamıyoruz. Denizdeki kanalizasyon genellikle tuvalet, pisuar ve klozetlerden çıkan atıklardır. Kurallar, kanalizasyonun ancak arıtıldıktan sonra deniz suyuna boşaltılabileceğini ve geminin en yakın karadan 4 deniz mili mesafesi olduğunu söylüyor.
Ancak kanalizasyon arıtılmazsa en yakın karadan 12 deniz mili uzağa boşaltılabilir. Ayrıca, tahliye edilen kanalizasyon, görünür yüzen katı maddeler oluşturmamalı ve çevredeki suyun renginin bozulmasına neden olmamalıdır. Kanalizasyon deşarj yönetmeliklerinin detayları MARPOL Ek IV’te bulunabilir.